관세청, 「수정수입세금계산서 발급 지침」 마련 ··· 업계 의견 수렴 실시

관세청, 「수정수입세금계산서 발급 지침」 마련 ···

업계 의견 수렴 실시

• 12월 5일(금)부터 12월 26일(금)까지 3주간 관세청 홈페이지에서 의견 접수

□ 관세청은 부가가치세법령에서 규정하고 있는 수정수입세금계산서 미발급 기준에 대한 실무 운영 가이드라인을 담은 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련하여 12월 5일(금)부터 외부 의견 수렴을 실시한다고 밝혔다.

▶ 의견 수렴 기간 : 2025년 12월 5일부터 2025년 12월26일까지 (3주간)

▶ 의견 제시 방법 : 관세청 홈페이지(www.customs.go.kr)를 통해 지침 전문을 확인하고, 관련 의견을 제출(e-mail : hijk@korea.kr)

ㅇ 이번 지침은 미발급 사유별 처리 기준을 구체화해 납세자의 예측 가능성을 높이고, 전국 세관의 발급 업무 기준을 통일하여 법적 안정성을 제고하는 데 목적이 있다.

ㅇ 또한 그간 불명확한 '미발급 사유'로 인해 발생하던 행정적 해석 논란을 최소화하여 기업들의 성실신고를 유도하고, 기업의 행정적 부담을 완화하는 데 실질적인 도움을 주고자 마련되었다.

□ 수입자가 수입 시 세관에 납부한 부가가치세는 수입세금계산서를 발급받아 추후 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받아 납부세액을 줄일 수 있다. 이때, 과세표준이나 세액이 변경되면 이 매입세액 공제 금액도 달라지므로 이를 정확히 반영하기 위해 수정수입세금계산서가 필요하다.

ㅇ 원칙적으로 세관장의 경정 또는 수입자의 수정신고 시 수정수입세금계산서가 발급되지만, 관세포탈 행위 등 부가가치세법령상 일정 기준에 해당하는 경우에는 발급이 제한되어 추가로 납부한 부가가치세에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.

<수정수입세금계산서 미발급 기준(부가가치세법)>

▶ 관련 법령 : 부가가치세법 제35조 제2항 및 부가가치세법시행령 제72조 제4항

▶ 미발급 사유

1. 관세포탈 등의 사유로 고발되거나 통고처분 받은 경우

2. 부정한 행위로 관세의 과세표준 또는 세액을 과소신고한 경우

3. 대통령령으로 정한 중대한 잘못이 있는 경우

1. 특수관계거래에 대한 과세자료 미제출 또는 거짓 제출

2. 관세조사 등 결과 통지에도 같은 오류를 다음 신고시 반복

3. 보정신청을 하도록 통지하였으나 보정·수정을 하지 않는 경우

4. 가격신고시 수입거래에 관한 사항을 적은 서류 및 과세자료의 내용이 객관적 사실과 명백히 다른 경우 등 해당 서류 또는 과세자료에 중대한 하자가 있는 경우

□ 관세청은 이러한 법령 취지를 고려하여 '수정수입세금계산서 미발급 대상'의 판단 기준을 명확하게 정리한 「수정수입세금계산서 발급 지침」을 마련했다.

ㅇ 특수관계자 거래 시 과세자료 미제출에 대한 미발급 조항에서는 제출대상 과세자료의 종류를 구체적으로 규정하고, 반복 오류에 대한 미발급 조항에서는 반복 오류 유형 구분표를 마련하였다.

ㅇ 아울러 보정통지 미수정에 대한 미발급 조항에서는 발급대상으로 보는 '정당한 사유'의 해당 범위를 정하고, 가격신고(과세자료)의 중대한 하자에 대한 미발급 조항에서는 중대한 하자로 판단할 수 있는 세부 기준을 제시하였다.

□ 본 지침은 의견 수렴 절차를 거친 후, 내년 1월 1일(목)부터 일선 세관의 수정수입세금계산서 발급 업무에 적용될 예정이다.

□ 이명구 관세청장은 "이번 지침으로 수정수입세금계산서 발급과 관련한 납세자의 혼란을 최소화하고, 세관 업무의 통일성을 확보해 투명하고 예측 가능한 납세 환경을 조성할 수 있을 것으로 기대한다"며, "접수된 의견을 면밀히 검토하여 최종 지침에 적극 반영하겠다"고 밝혔다.

(붙임) 1. 수정수입세금계산서 발급 지침(안) 주요 내용

1. 수정수입세금계산서 발급 지침(안) 전문